Spesialingeniør/bioinformatiker

Ved Seksjon for utvikling, Avdeling for mikrobiologi, Klinikk for laboratoriemedisin, Oslo universitetssykehus er det ledig et 100 % engasjement som bioinformatiker. Engasjementet er for 3 år. Startdato kan avtales med leder.
Vi ønsker å styrke avdelingens kompetanse og kapasitet innenfor bioinformatikk og søker derfor en dyktig og engasjert fagperson som vil være med å utvikle løsninger for analyse av store datamengder fra HTS (high throughput sequencing) av prøver fra pasienter med infeksjonssykdommer. 
We are looking for a bioinformatician to develop analyses of  HTS for microbiology diagnostics. English speaking candidates are also welcome to apply.  

Stillingen inngår i en regional satsing for å utvikle persontilpasset medisin innen infeksjonsdiagnostikk. Du vil i denne stillingen få en nøkkelrolle i oppbyggingen av det diagnostiske tilbudet basert på HTS innen infeksjonssykdommer og vil også bli involvert i avdelingens spennende forskning innen mikrobiologi, bl a innen antibiotikaresistens og virologi. Dette er en variert rolle hvor du vil bidra i prosesser fra planlegging til design, utvikling, analyse og evaluering. Hvis du liker å jobbe med komplekse problemer, evner å lage kvalitetssikrede løsninger som egner seg for medisinsk diagnostikk, og ønsker en samfunnsnyttig jobb innen moderne helseteknologi, oppfordres du til å søke. Du vil inngå i et tverrfaglig team bestående av bioinformatikere, molekylærbiologer, bioingeniører og leger ved Avdeling for mikrobiologi. I tillegg vil du ha nær kontakt med bioinformatikkmiljøet ved Avdeling for medisinsk genetikk.

Hovedarbeidsoppgavene ved Seksjon for utvikling er utvikling og drift av molekylærbiologiske analyser til identifikasjon, mikrobiell fylogeni og genotypisk resistensbestemmelse av mikroorganismer, samt prosjekter knyttet til dette. Seksjonen har 10 ansatte, 6 molekylærbiologer (2 i 50 % stilling), 1 bioinformatiker (20 % engasjement) og 3 spesialbioingeniører, med aktivitet både på Rikshospitalet og Ullevål. Arbeidssted for dette engasjementet vil være knyttet til begge lokaliteter. Avdelingen er akkreditert etter kravene i ISO 15189.

Arbeidsoppgaver

• Bioinformatisk analyse av HTS helgenomdata for identifikasjon, resistensbestemmelse og fylogeni av mikroorganismer, samt metagenomiske analyser for påvisning av mikroorganismer direkte fra prøvemateriale.
  
• Utvikling, kvalitetssikring, automatisering og etablering av bioinformatiske analyseoppsett ( pipelines ), analyse og presentering av sekvenseringsdata til rutinediagnostikk og forskning.
  
• Utvikling av analyser, databaser og generell forvaltning av data der hvor avdelingen har HTS-relevante nasjonale referansefunksjoner, blant annet innen humanpatogene sopp og parasitter, HIV, cytomegalovirus og syfilis.
  
• Gi veiledning og hjelp med bioinformatiske analyser og bidra til opplæring og kompetanseheving av ansatte.
  

Kvalifikasjoner

Krav:

• Utdanning på minimum mastergradsnivå innen bioinformatikk eller relevante disipliner
• Må kunne dokumentere god erfaring innenfor anvendt bioinformatikk
  
• God praktisk erfaring med Linux/CLI og generelt gode IT-kunnskaper
  
• Erfaring med programmering (for eksempel Python, R, Bash)

Ønskelig

• Erfaring innen analyse av sekvenseringsdata, herunder mikrobiell helgenomsekvensering, amplikonsekvensering, og genekspresjonsanalyse - gjerne i diagnostisk sammenheng
  
• Erfaring med relevante verktøy for bioinformatisk analyse av store mengder sekvenseringsdata
  
• Kunnskaper innen mikrobiologi, spesielt mikrobiell fylogeni og genetiske mekanismer for antimikrobiell resistens
• God forståelse for problemstillinger innen både biologi og informatikk
  
• Erfaring fra etablering og drift av IKT-infrastruktur for analysering, deling og lagring av store mengder komplekse og sensitive data
  
• Erfaring med versjonskontroll, containere, databaser
  
• Kjennskap til programvarebiblioteker for dataanalyse og visualisering/plotting, prøvesporing og rammeverk for automatisering  

Personlige egenskaper

• Stillingsinnehaver forutsettes å samarbeide tett med øvrig personell i avdelingen. God samarbeidsevne på tvers av profesjoner og avdelinger, og evne til å dele og videreformidle kunnskap vil tillegges stor vekt
  
• Faglig interesse og engasjement er et krav
  
• Evne til nytenkning, å ta initiativ, jobbe selvstendig, systematisk og målbevisst vil bli vektlagt
  
• Initiativrik og engasjert, liker både å oppsøke kunnskap så vel som dele den
  
• Den som tilsettes må beherske engelsk skriftlig og muntlig, og bør helst også beherske norsk
  
• Ved vurdering av den best kvalifiserte skal det legges vekt på utdanning, relevant erfaring og personlig egnethet, samt motivasjon for stillingen
  

Vi tilbyr

• Et spennende og utfordrende fagmiljø og ny teknologi i rask utvikling
  
• En sentral rolle for innføring av persontilpasset medisin i helsevesenet
  
• Åpent og inkluderende arbeidsmiljø med engasjerte kolleger
  
• Lønn etter gjeldende overenskomst
  
• En arbeidsplass som er inkluderende arbeidsliv (IA)-bedrift Gode pensjons- og forsikringsordninger